东莞地铁的运营时间是周一至周四早上6:30到晚上10:30,而在周五、双休日和节假日,运营时间延长至晚上11点。此外,东莞轨道交通2号线共有15个站点,每个车站都提供免费WiFi和洗手间。车站内配备了楼梯、自动扶梯以及无障碍垂直电梯,方便乘客使用。对于视力残疾人和肢体残疾人,以及智力残疾人和盲人等级别为一至三级的残疾人,凭第二代《中华人民共和国残疾人证》或《东莞市爱心乘车卡》,可以免费乘坐城市轨道交通。同时,在东莞市辖区就读的学生持有《东莞市学生公交卡》可享受单程票价5折优惠。此外,3号线也在建设中,分为三期工程,预计将促进东莞东西部交通联系,连接不同的镇街。
东莞地铁2号线停运时间如下:往东莞火车站方向,最晚停运时间是23:05;往虎门火车站方向,工作日最晚停运时间是22:30,非工作日最晚停运时间是23:00。平峰时段的行车间隔约为8分钟,低峰时段的行车间隔约为9分钟。该线路全长37.743千米,共设有15座车站,采用6节编组的B型地铁列车。